1、纹理不同
仔细观察玉髓和玛瑙时，可以看到玉髓没有条带状纹理，它可以呈现出较强的玻璃至油脂光泽。而玛瑙可以看到明显的条带状纹理，可以呈现出玻璃光泽。
2、色彩不同
玛瑙的颜色多种，而玉髓虽然根据颜色的不同能够分为白玉髓、蓝玉髓、紫玉髓、绿玉髓、红玉髓、黄玉髓等，但是它并不是人们想象中的鲜艳颜色，市面上那些看起来颜色鲜艳的玉髓几乎都是经过染色的。
3、质地不同
玉髓是一种质地比较细腻的天然矿石，而玛瑙的颗粒结构相对较明显，是一种质地相对粗糙的天然矿石，因此分别将玉髓和玛瑙握在手中揉搓时，可以明显分辨出来。
4、构造不同
玉髓和水晶比较相似，它属于石英的隐晶质结构，具有较高的透明度。而玛瑙其实是由脱水二氧化硅的凝胶体构成，其透明度和玉髓相比要低一点。