天然形成的翡翠，或多或少地都有些缺陷，瑕疵的形态、大小、位置和成因不同，将不同程度影响翡翠的价值或坚固性。
1、斑点，由黑色、墨绿色或暗绿色矿物组成的，与周围翡翠的颜色有明显区别的斑点状瑕疵，这个瑕疵大多会影响翡翠的价值。
2、雾，云雾状或丝絮状瑕疵。俗称“棉”或“石花”，有时这些白色的云雾会浮在表面，降低了翡翠的透明度，行家称其为“白花盖顶”。
3、筋柳：多为黄褐色或棕色，形成烟丝，俗称“石筋”或“石纹”。
4、膜，此类翡翠看起来显得很脏，因而价值不高，常见于“香灰地”、“芋头地”和“狗屎地”等。